引起新生儿肠炎的病原微生物不同，其临床表现和严重程度也不同。

1、如果肠炎比较轻，患儿主要表现为大便次数增多、大便性状改变等消化系统症状，可伴有低热、纳奶差、呕吐、精神反应差、轻度腹胀、烦躁不安、轻度脱水等表现。

2、如果肠炎比较严重，除腹泻次数明显增多外，患儿的全身表现也比较严重，可能会出现明显发热或者体温不升（即体温低于35℃）、拒奶、呕吐、明显腹胀、少尿或者无尿、精神反应差、嗜睡、四肢发凉、皮肤发花等。患儿还可能会出现明显的脱水、酸中毒，以及电解质紊乱。

3、如果病程比较长或者迁延不愈，就可能会影响新生儿的生长发育，出现明显的喂养困难和营养不良。