清胃黄连丸和牛黄清胃丸都是临床常见的清热泻火药，都具有清胃泻火的功效，可以用于治疗口舌生疮、牙龈肿痛、咽喉肿痛等，但是两者由于具体的药物组成不同，所以在功效上有些许区别。
牛黄清胃丸中君药为牛黄，偏于清心火和胃火，而且牛黄清胃丸中还含有大黄，在清热泻火的同时，还具有一定的润燥通便作用，可用于治疗便秘尿赤。而清胃黄连丸中君药为黄连、石膏，偏于清肺火和胃火，并且三黄（黄芩、黄连和黄柏）用量较大，所以清胃黄连丸清热解毒的作用力较牛黄清胃丸强，但清胃黄连丸没有泻下通便的作用。
此外，清胃黄连丸属于甲类非处方药，患者可以自行到药店购买使用清胃黄连丸。而牛黄清胃丸属于处方药，患者必须在医生的辨证诊治后，凭借医生的处方使用牛黄清胃丸。