上清丸不能祛痘印。
上清丸是一种治疗各种风热火盛之证的中成药。该药含有菊花、薄荷、川芎、白芷、荆芥、防风等，有较强的清热散风、解毒通便的功效，可以有效治疗风热火盛引起的头晕耳鸣、目赤、鼻窦炎、口舌生疮、牙龈肿痛、大便秘结。临床上在医生的指导下本品也用于治疗病毒性感冒、急性结膜炎、急性鼻窦炎、急性口腔炎、急性牙龈（周）炎等疾病。
痘印一般是指青春痘（痤疮）消除后留在皮肤上的斑痕，多由于皮肤破裂受到感染引起。痘印分为很多种类型，如早期的红斑、凹陷性瘢痕、增生性的痘印、色素沉着性的痘印等。根据痘印的不同时期和不同状态，采取的治疗措施也不同。建议已经出现痘印的患者去医院的皮肤科寻求更专业的治疗方案，不要自行随意用药，以免用药不当，加重病情。