肤痔清软膏和马应龙痔疮膏都是临床上治疗痔疮的常用药物，但两者在药物组成、功能主治、不良反应等方面有以下区别：
1、药物组成上，肤痔清软膏的成分较多，由金果榄、土大黄、黄柏、朱砂根、野菊花、紫花地丁、雪胆、苦参、冰片、重楼、黄药子、姜黄、地榆、苦丁茶、薄荷脑组成。而马应龙痔疮膏的成分较少，由人工麝香、人工牛黄、珍珠、煅炉甘石粉、硼砂、冰片、琥珀组成。
2、功能主治上，肤痔清软膏的功效作用较广泛，除了能治疗痔疮之外，还能治疗手癣、足癣、体癣、股癣、浸淫疮（全身性的渗出性皮肤病并伴有瘙痒等）、带下病（带下色黄质稠、味臭等）。而马应龙痔疮膏的功效作用相对单一，只能用于治疗痔疮、肛裂、肛周湿疹。
3、不良反应上，肤痔清软膏的副作用较少，仅有个别患者在用药部位可能会出现小疹或者轻微的红肿；而马应龙痔疮膏的副作用较多，可见皮肤过敏反应，表现为皮肤溃烂、皮疹、肛周皮肤瘙痒、肛门灼热，或出现月经周期紊乱、经期延长、月经量增多。