先天性角膜混浊的最佳治疗时期因人而异，主要取决于其发生的部位、程度、对视觉发育造成的影响等，不能一概而论。
先天性角膜混浊属于严重的致盲性疾病，并且出生后早期即可存在，所以提倡早发现、早治疗，其治疗方法主要是角膜移植手术。但是，并非所有患儿都需要进行角膜移植手术，也不是手术时间越早越好。具体的诊疗方案，应该由眼科医生根据病变发生的部位、程度、对视觉发育造成的影响等因素来决定。
1、如果先天性角膜混浊遮挡瞳孔区，并且混浊的程度比较严重，则患儿需要及早进行角膜移植手术。
2、如果先天性角膜混浊同时合并白内障，医生会根据情况考虑是否进行联合手术。
需要提醒的是，患儿在术后还需要根据具体情况进行配镜，或者对眼睛进行遮盖。如果双眼视力相差较大，或者单眼存在视力障碍，则需要遮盖视力较好的眼睛，同时辅以视觉训练等弱视治疗方法，来促进视觉进一步恢复。