目前，森田疗法的适应证在扩展，同时治疗程序也在不断改进，但最初的具体方法如下：
1、绝对睡眠期。很多强迫症患者因为重复的症状，感到非常苦恼、焦虑，所以设置了绝对睡眠期。就是说患者除了吃饭、上厕所之外就是卧床，这个卧床不一定是睡觉，就是让患者卧床不能做事，不能接触人。相当于反思或关禁闭，随着时间的推移，3天或5天，最长不超过7天，患者会从开始对症状的苦恼，逐渐变得越来越烦躁，继而想要起床活动，想要做事，想要过正常的生活。
2、轻体力劳动期。度过绝对睡眠期以后，允许患者起来整理家务或者散步、看书，使其逐渐回归到正常的生活。
3、重体力劳动期。重体力指比日常生活更重，比如田间劳作，使得患者出汗，感受生活不易，同时记录森田日记，通过记录日记让患者将专注力从对疾病的专注转向到对生活的专注，还可成立森田小组，几个人或者几十个人通过记日记、通过讨论发现生活的意义、自己的价值，继而远离疾病，回归到正常生活。
通过以上步骤使患者从沉浸于疾病的痛苦转向对生活认识的提升，以至于让这些疾病的症状对生活的影响降到最低。