胎儿肠闭锁通常在妊娠中后期，通过B超检查才能发现。在孕期发现胎儿有肠道闭锁时，医生会根据闭锁部位，以及是否伴有染色体疾病等，进行综合分析，再给出一个处理建议。

如果是十二指肠闭锁，通常会伴有胎儿胃泡的明显扩张和孕妇羊水过多。在十二指肠闭锁时，要首先除外是否有胎儿染色体畸形，尤其是检查是否有21-三体综合征。

在胎儿没有染色体异常，仅仅是单纯小肠或者直肠闭锁的情况下，如果肠闭锁的位置比较低，则出生后通过手术治疗，其预后相对比较好；但如果肠闭锁位置相对比较高，闭锁部位以下的肠管没能很好发育，则即使出生以后经过手术治疗，其远期预后可能也会受一定影响。