黏液腺囊肿不是一种由感染引起的感染性疾病，也不是过敏性疾病，更不是慢性非感染性疾病。黏液腺囊肿一般是因为各种机械、摩擦等创伤因素造成唾液腺导管口的堵塞而引起的。
日常生活中，如果在不经意间，咬了一下口腔黏膜，可能会造成唾液腺导管口的堵塞，其中分泌的唾液难以排出，内部张力变大，形成囊肿；也有可能是在进食过程中，挤压口腔黏膜，堵塞了相应位置的唾液腺导管口，从而形成囊肿。黏液腺囊肿发展到一定程度后，需要进行手术切除，在手术过程中，如果手术器械挤压到旁边小唾液腺的导管开口，也可能会形成新的囊肿。
综上所述，黏液腺囊肿最主要的病因就是机械原因造成的小唾液腺导管口的堵塞。