黏液腺囊肿常表现为一个米粒或者绿豆，甚至黄豆大小的肿包，常发生在口腔黏膜下面小唾液腺特别丰富的区域中，患者一般不会感觉到疼痛，可能会有口腔异物感。
在疾病早期，小唾液腺导管尚未完全堵塞时，唾液排空不顺畅，囊肿可随着患者的进食而逐渐变大，而进食后随着唾液的逐渐排空，囊肿又会慢慢变小。但是，如果堵塞较严重，排空速度过慢的话，囊肿内唾液尚未排空时就再次进食，则囊肿会继续变大。若病情持续未缓解，甚至已达3个月以上，导管仍未通畅，囊肿可能会逐渐机化，由中空的囊肿变成一个实质性的小肿包，质韧，中等硬度，仍为黄豆或者绿豆大小。