黏液腺囊肿通常采用温热水含漱和手术切除的方法进行治疗。
临床上，没有治疗黏液腺囊肿的特效药物，因此通常不会采取药物治疗的方法。因为黏液腺囊肿的病因主要是小唾液腺导管口的机械堵塞，所以，在保守治疗阶段，常嘱患者进行温热水含漱，以利用热胀冷缩的物理原理使小唾液腺导管恢复通畅，促进黏液排出。
若经过温热水含漱治疗后，症状仍未好转，此时囊肿可能已经变成相对实性的具有纤维组织的肿物，通常需要进行手术切除。
需要提醒的是，即使切除了病变的小唾液腺，但因口腔内的小唾液腺数目很多，所以，并不会影响患者的唾液分泌功能及口腔其他功能，因此，患者不必过于担心。
