通常来说，黏液腺囊肿的危害不大。

黏液腺囊肿的患者会丧失一个小唾液腺的功能，并且在小唾液腺肿胀后会有口腔异物感。若囊肿较大，高出口腔黏膜时，则可能会在进食过程中，容易被咬到或者被食物撞击，造成破溃形成破溃面、溃疡，或者继发感染，出现疼痛。

而且，黏液腺囊肿是可以治愈的。在保守治疗阶段，常嘱患者进行温热水含漱，以利用热胀冷缩的物理原理使小唾液腺导管恢复通畅，促进滞留的唾液排出。若经过温热水含漱治疗后，症状仍未好转，还可进行手术切除。