引起口腔颌面部囊肿的病因繁多，其具体病因需根据具体囊肿类型而定。

1、皮脂腺囊肿（即粉瘤），是由于皮脂腺排泄管出现了阻塞，导致皮脂腺排泄不畅，发生局部聚集所形成的。

2、部分囊肿是由于胚胎发育期间所遗留上皮逐步演变发展而来的，如甲状舌管囊肿、鳃裂囊肿、牙源性角化囊肿等。

3、部分囊肿是由于局部炎症刺激所造成的。如根端囊肿是由牙根周围的炎症刺激所造成的。