1、消化系统紊乱：可引起便秘、腹泻、腹胀感、恶心、下腹疼痛、消化不良及肝功能酶学指标（如氨基转移酶、碱性磷酸酶）升高。
2、血液系统异常：雷贝拉唑抑制胃酸分泌后胃酸减少，导致铁的吸收和维生素B12的吸收减少，影响红细胞生成，从而引起贫血。雷贝拉唑还可引起淋巴细胞减少、白细胞减少或增多、嗜酸性粒细胞与中性粒细胞增多。如出现此类异常状况时，应停药并采取适当措施。
3、精神与神经系统异常：有些患者服药期间出现头痛、眩晕、困倦、四肢乏力、感觉迟钝、握力低下、口齿不清、步态蹒跚等情况。
4、其他的不良反应：部分人会出现皮疹、荨麻疹、瘙痒、水肿等皮肤症状，还可能伴随着心慌、检查中血总胆固醇及尿素氮升高、蛋白尿等。另外有一小部分患者服药后影响了钙的吸收，进而引起骨质疏松，需警惕。