一般认为，全程接种乙肝疫苗后有效期至少可持续12年。
乙肝疫苗的保护效果取决于完成接种后乙肝表面抗体的产生。目前认为，接种第一针和第二针后，约90%接种者可产生乙肝表面抗体，但抗体不够持久，会随时间消退；按规定接种第三针后，抗体可长期维持在较高水平。
我国慢性乙型肝炎防治指南2015年版中指出，全程接种乙肝疫苗后有效期至少可持续12年，因此，一般人群在全程接种后不需要进行乙肝表面抗体监测或加强免疫。另外，近期已有研究表明，全程接种乙肝疫苗后有效期可持续30年，但仍需要更多的长期研究进行支持。
需要指出的是，在接种乙肝疫苗时应严格按照免疫程序，即接种第1剂次疫苗后，1个月及6个月后注射第2及第3剂次疫苗，方能获得长期持续的保护效果。