1、静滴引起的副作用：快速静滴万古霉素时或之后，可能发生类似过敏的反应，包括低血压、喘息、呼吸困难、荨麻疹或瘙痒。也可能引起身体上部的潮红（红颈）或疼痛，及胸部和背部的肌肉抽搐。这些反应通常在20分钟内就会解除，但也有可能持续几个小时。
2、肾毒性：很少有患者出现血清肌酐或血尿素氮（BUN）浓度增加，或发生间质肾炎。停用万古霉素后，大部分患者的氮质血症可恢复正常。
3、耳毒性：可出现听觉丧失的情况。罕见头晕、目眩、耳鸣。
4、血液系统异常：有发生可逆性中性粒细胞减少的情况，当停用万古霉素，中性粒细胞减少症大多能够迅速恢复正常。血小板减少症罕见。
5、静脉炎：注射部位有发生静脉炎的情况。
6、其他不良反应：偶尔会出现过敏反应，表现为药物热、寒战、恶心、嗜酸粒细胞增多、皮疹，严重的会出现史蒂文斯-约翰逊综合症、毒性表皮坏死松解，罕见脉管炎。
