红色毛癣菌可能引起多种疾病，医生一般会根据疾病的类型、病情严重程度等，来选择合适的抗真菌药物进行治疗。例如：
1、如果红色毛癣菌感染足部皮肤而引起足癣，则通常以外用抗真菌药物治疗为主，常用药物为硝酸咪康唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏等；对于外用药物效果欠佳的患者，或者对外用药物依从性差而反复发作的患者，医生会给予伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等药物口服治疗。
2、如果红色毛癣菌感染甲板及甲下组织而引起甲癣，则对于远端侧位甲下型及白色浅表型的甲癣，可单独外用药物进行治疗，常用药包括抗真菌制剂、角质剥脱剂、防腐剂等；对于单用外用药物治疗无效的患者，或者甲板受累范围较大、甲母质受累的患者，医生会给予其口服的抗真菌药物，常用药物包括伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等。
