绝大部分的隐匿阴茎是先天性的，也有个别的隐匿阴茎是后天性因素导致的。

1、如果是由于过度肥胖导致儿童的阴茎隐匿在脂肪内，从而造成的隐匿阴茎，是先天性隐匿阴茎。

2、部分儿童阴茎皮肤的附着点位置不正常，也可能会造成隐匿阴茎。

3、部分患儿的隐匿阴茎，可能是由于外伤等后天性因素导致的，比如阴茎受到外伤后，其包皮口发生了狭窄，就可能将包皮埋在皮下。