神经梅毒常用水剂青霉素进行治疗，而非用长效青霉素进行治疗。神经梅毒的治疗方法非常特殊，与一般梅毒的治疗方法不同。
临床上，一般梅毒首选长效青霉素进行治疗，用药后疗效通常能够持续一周，如果连续用药三周，一般梅毒基本可以获得治愈。
但是，如果用长效青霉素治疗神经梅毒，则很难达到理想的治疗效果，因为长效青霉素属于油剂青霉素，此种药物很难通过血脑屏障，用药后患者脑脊液中药物的浓度通常非常低，很难发挥作用。
因此，临床上常用水剂青霉素来治疗神经梅毒，且用量通常比较大，医生会根据患者的具体情况制定相应的用药方案。