非淋菌性尿道炎与淋病有区别，二者的区别主要体现在病因不同、潜伏期不同、分泌物性状不同、治疗方法不同等方面。
1、病因不同。非淋菌性尿道炎是由于除了淋病奈瑟菌以外的病原体（如衣原体、支原体、病毒、寄生虫等）感染所引起的；而淋病是由于淋病奈瑟菌感染所引起的。
2、潜伏期不同。非淋菌性尿道炎的潜伏期要比淋病长，一般为1~3周左右；而淋病的潜伏期一般为2~10天，平均为3~5天。
3、分泌物性状不同。非淋菌性尿道炎的分泌物一般为白色浆液性；而淋病的分泌物一般为黄色脓性。
4、治疗方法不同。非淋菌性尿道炎一般用四环素类、大环内酯类或喹诺酮类抗生素进行治疗；而淋病一般用头孢菌素类抗生素或大观霉素进行治疗。