男性淋病是由于淋病奈瑟菌（简称淋球菌）感染所引起的。
淋病奈瑟菌是一种革兰阴性双球菌，主要侵犯黏膜，尤其是黏膜的柱状细胞。感染后淋病奈瑟菌可侵入男性的前尿道等处，通过细胞菌毛、外膜蛋白Ⅱ迅速使淋病奈瑟菌黏附于上皮细胞，通过柱状上皮细胞的吞噬作用进入细胞内繁殖。当上皮细胞受到损伤后，可发生溶解，并将淋病奈瑟菌释放到黏膜下层，通过脂多糖内毒素与宿主补体协同作用，造成局部炎症反应。
如果治疗不及时，则淋病奈瑟菌可进入尿道腺体和隐窝，成为慢性淋病的主要病灶。另外，淋病奈瑟菌也可进入血行，引起败血症和播散性淋病。