1、消化系统反应：部分患者使用本品后可出现厌食、恶心、呕吐、腹泻、腹部痉挛等症状。少数患者会出现肝功能异常，国外文献有爆发性肝衰竭的个例报道。
2、过敏反应：国外文献报道部分患者使用本品后可出现荨麻疹、血管性水肿和支气管痉挛等症状。
3、心血管系统反应：极少数患者在大剂量应用羟氯喹时会出现心肌病。因药物具有慢性毒性，极少数患者在服药过程中会有心脏传导异常（束支传导阻滞/房室传导阻滞）及双侧心室肥大症状。
4、中枢神经系统反应：国外文献报道极少数患者使用本品后可出现易怒、神经质、情绪改变、噩梦、精神病、头痛、头昏、眩晕、耳鸣、耳聋、眼球震颤、惊厥等症状。
5、肌肉反应：少数患者服用硫酸羟氯喹片后会出现骨骼肌瘫痪或肌病或神经肌病导致进行性无力和近端肌群萎缩，可合并轻度感觉异常、腱反射减弱和神经传导异常等不适。
6、皮肤反应：少数患者服用本品后会出现头发变白、脱发、瘙痒症、皮肤粘膜色素变化、光过敏和皮损（荨麻疹、多形红斑、苔藓样变、斑丘疹、紫癜、离心形环形红斑、Stevens-Johnson综合征、急性泛发性发疹性脓胞病和剥脱性皮炎）。
7、血液系统反应：一些患者服用本品后会出现多种血液系统异常，如再生障碍性贫血、粒细胞缺乏、白细胞减少、贫血、血小板减少（在G-6-PD缺陷的患者出现溶血）。
8、其他不良反应：部分患者服用本品后会出现体重下降、疲倦，卟啉病和非光敏感的银屑病病情恶化，视力异常如视觉模糊、光敏感等。