1、胃肠道反应：部分患者使用黄体酮后会出现腹痛、便秘、恶心、腹胀等不适。
2、免疫系统反应：部分患者使用黄体酮后会出现病毒感染性疾病。
3、肌肉骨骼系统反应：部分患者使用黄体酮后会出现肌肉痉挛、肌肉骨骼疼痛。
4、神经系统反应：少数患者使用黄体酮后会出现头晕、头痛、睡眠障碍、嗜睡等不适。
5、精神症状：少数患者使用黄体酮后会出现抑郁，也可能出现心理波动较大，情绪不稳定等症状。
6、肾脏系统异常：部分患者使用阴道凝胶制剂的黄体酮后会出现遗尿症。
7、生殖系统反应：部分患者口服黄体酮后会出现乳房压痛，使用阴道凝胶制剂后会出现巨乳，乳房疼痛，会因疼痛，阴道溢液等不适。
8、其他的不良反应：休克、乳腺癌、急性胰腺炎、深静脉血栓形成、胆汁淤积、胆囊炎、黄疸、肝炎、肝功能衰竭等严重不良反应。极少数患者使用黄体酮后会出现脑血管意外如缺血性脑卒中、短暂性脑缺血发作、视网膜动脉血栓形成、痴呆、子宫内膜癌、乳腺癌、肺栓塞等严重不良反应。