盐酸小檗碱胶囊可通过改善胰岛素的分泌，改善胰岛素的抵抗，而且对胃肠道菌群有一定的调节作用。有实验表明，使用小檗碱对糖代谢紊乱有一定的益处，但是目前并没有直接的临床证据，证明小檗碱有降糖的疗效以及安全性。我们可以简单理解为降低血糖是盐酸小檗碱的不良反应，用不良反应去治疗疾病，是不科学的，且容易产生更多的不良反应。所以盐酸小檗碱并不能用于降糖。
盐酸小檗碱胶囊主要用于敏感病原菌所致的胃肠炎、细菌性痢疾等肠道感染。本品为广谱抗菌药，对多种革兰阳性及阴性菌均具抑制作用，其中对溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、脑膜炎奈瑟菌、志贺菌属、伤寒杆菌、白喉杆菌等具有较强抑制作用。对阿米巴原虫也有一定作用。