通常认为，成年男性阴茎勃起后长度小于6公分，则可以认为是阴茎短小。阴茎短的原因主要包括以下方面：
1、不明原因。这部分患者，睾丸发育是正常的，激素水平也完全正常，其阴茎短小可能与基因、营养等因素有关。
2、内分泌原因。下丘脑分泌的促性腺激素释放激素异常、脑垂体分泌的促性腺激素异常，可导致阴茎短小。
3、染色体异常。如克氏综合征。克氏征患者会伴有小睾丸、第二性征发育异常，从而出现阴茎短小。
4、肥胖原因。青春发育期之前就一直肥胖的患者，有可能会影响到阴茎发育，导致阴茎短小。对于重度腹型肥胖的成年人来讲，俯视自己的阴茎都会变得特别困难，会更容易觉得自己阴茎短小。
