药物治疗是无菌性前列腺炎的主要治疗手段，医生会根据患者的具体病情，选择合适的药物进行治疗。
1、抗生素：常用药物有左氧氟沙星、阿奇霉素、多西环素等。此类药物需根据细菌培养结果和药敏试验，选择敏感抗菌药，以控制炎症。
2、α受体阻滞剂：常用药物有特拉唑嗪、多沙唑嗪、盐酸坦索罗辛等。此类药物可以松弛前列腺的肌肉，对于改善疼痛或梗阻性排尿症状有一定的疗效。但是，用药期间可能会出现眩晕、低血压等不良反应。
3、M-受体阻滞剂：常用药物有托特罗定等。此类药物对于尿急、尿频和夜尿增多等症状具有良好效果。
4、非甾体抗炎药：常用药物有塞来昔布等。此类药物对于缓解局部疼痛、不适等症状有一定的疗效。
5、植物制剂：常用药物有普适泰、沙巴棕等。此类药物主要指花粉类制剂与植物提取物，具有抗炎、抗水肿等作用，不良反应较小。