有巧克力囊肿的患者是可以同房的，但某些类型的巧克力囊肿患者不建议同房。
通常，巧克力囊肿往往伴随痛经症状，而同房对舒缓疼痛有一定帮助；且同房之后的怀孕是治疗巧克力囊肿的天然方法，因为怀孕可以抑制异位细胞的生长繁殖，假孕疗法就是根据怀孕的原理而产生的。因此，有巧克力囊肿的患者是可以同房的。
但是，深部结节型的巧克力囊肿患者，同房后会出现性交痛等不适症状，表现为下腹阵痛，还有部分患者会出现严重痛经、大便疼痛等症状，因此，此类患者不建议同房。
另外，比较大的巧克力囊肿（一般是大于4公分以上），在同房或是剧烈运动的刺激下，可能引起巧克力囊肿的囊壁破裂或者是囊肿扭转，从而出现剧烈的下腹部疼痛。如果是囊壁破裂，会形成急腹症，可能引起休克；如果囊肿扭转时间太长，还可能会导致卵巢坏死，影响女性的生育功能。因此，此类患者也不建议同房。
需要提醒的是，患有巧克力囊肿者，建议一定要及时到正规医院妇科就诊，在医生的指导下进行规范的治疗。