巧克力囊肿复发后，医生通常根据患者情况，包括病情严重程度、年龄、生育要求、既往治疗措施等选择适当的治疗方案。
一、对于囊肿较小、有生育要求的轻症患者，一般不考虑手术治疗，可以先采用药物治疗，不过曾经使用过的药物一般不宜再用。应注意，药物治疗只是缓解症状或作为手术前的准备，不能根治本病。
二、对于囊肿较大、病情较重的复发患者，常需要手术治疗。
- 1、对于无生育要求者，可采取根治性手术，需要将子宫和双侧卵巢全部切除。
- 2、对于有生育要求者，医生会根据患者盆腔情况制定其他手术方案。部分病例还可以考虑囊肿穿刺，属于微创手术，是在超声引导下进行穿刺，抽出囊内液体，向囊肿内注射硬化剂比如无水乙醇，使囊壁硬化、闭合，继而使囊肿萎缩或消失。
- 3、对于暂时不能进行手术的复发性巧克力囊肿，可以先进行暂时性的囊肿穿刺，然后再进行GnRH-a治疗，在2~3个月后，手术难度下降时再进行手术。