指（趾）甲表面凹凸不平可能是由于甲营养不良、指（趾）甲损伤、真菌感染或某些疾病导致的。
1、甲营养不良：如果指（趾）甲缺乏维生素、蛋白质、钙、硫元素等，可能会导致指（趾）甲表面凹凸不平，比如缺铁性贫血会导致匙状甲（指甲中部凹陷、边缘翘起）。
2、指（趾）甲损伤：如果指（趾）甲受到外伤后，会由于血液供应不足，造成损伤修复较为缓慢，可能会导致新产生的指（趾）甲面凹凸不平。
3、真菌感染：俗称灰指（趾）甲，如果指（趾）甲受到真菌感染，造成甲板损坏，可能会导致指（趾）甲表面凹凸不平。
4、疾病因素：银屑病、甲状腺功能异常、遗传性白甲及反甲等疾病也会导致指（趾）甲表面凹凸不平，比如患银屑病时，指（趾）甲表面会有许多细小的点状凹陷；患甲状腺功能异常时，会出现指（趾）甲生长异常等。