巧克力囊肿有可能会癌变，但概率极低。巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。囊肿内容物通常呈咖啡色，黏稠如糊状，像巧克力样，因此俗称“卵巢巧克力囊肿”。
本病虽然是良性病变，但是却具有浸润、破坏周围组织、转移及复发等恶性行为。有研究提示，巧克力囊肿有恶变的可能，显微镜下可见异位子宫内膜向恶性移行的形态学证据。有文献报道其恶变率为0.5%～1%，本病有恶变为卵巢子宫内膜样癌和透明细胞癌的风险。
因此，巧克力囊肿患者在积极治疗的同时，应做好疾病监测。出现以下情况需要警惕恶变：
1、囊肿过大，直径＞10cm或有明显增大趋势；
2、绝经后又复发；
3、疼痛节律发生改变，痛经逐渐加重或呈持续性；
4、影像学检查发现卵巢囊肿腔内有实性或乳头状结构，或病灶血流丰富；
5、血清CA125明显升高（＞200IU/ml）。