巧克力囊肿一般不可以自愈，个别患者的囊肿可能有自行缩小的情况。
巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的存在陈旧性积血的囊肿。本病多见于25～45岁生育年龄妇女，随着体内雌激素、孕激素的波动变化，月经周期来潮，积血越来越多，巧克力囊肿也呈周期性增长，逐渐加重。而该年龄段的患者，其自身的激素水平，就决定了此疾病是难以自愈的。
但有个别病例，确实有囊肿自行缩小的可能，但难以彻底自愈，例如：
1、囊肿较小，且本身已经接近绝经期的患者，在绝经后囊内的液体慢慢被机体吸收，囊肿会逐渐萎缩。
2、囊肿较小，自然怀孕的患者，由于怀孕时的内分泌状态，可以抑制异位细胞的生长和繁殖，在怀孕期间异位的子宫内膜就有可能发生坏死和缩小。