巧克力囊肿手术后一般要休息一个月左右，具体时间主要与手术方式、手术途径、患者的个体情况等有关。
1、手术方式：手术治疗巧克力囊肿的方法比较多，主要包括保留生育功能手术、保留卵巢功能手术以及根治性手术。其中，保留生育功能手术的损伤相对最小，手术后需要休息的时间也就会比较短，而根治性手术的损伤相对最大，不仅清除异位内膜病灶，还需要将子宫、双附件予以切除，手术后需要休息的时间也就会比较久。
2、手术途径：手术治疗巧克力囊肿，有经腹和经腹腔镜两种途径。一般来说，腹腔镜手术切口较小，术后恢复较快，手术后需要休息的时间也就会比较短，而开腹手术创口较大，术后恢复较慢，手术后需要休息的时间也就会比较久。
3、患者的个体情况：一般来说，如果患者身体状况比较好，术后恢复较快，手术后需要休息的时间也就会比较短，而如果患者身体状况较差，术后恢复较慢，手术后需要休息的时间也就会比较久。
需要特别提醒的是，巧克力囊肿即使进行根治性手术，也仅能保证几乎不复发，而其他手术复发率较高。进行手术以后，患者仍需要进行长期的疾病管理，并遵医嘱服用口服避孕药、孕激素等药物。