巧克力囊肿有可能会复发。
巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。囊肿内容物通常呈咖啡色，黏稠如糊状，像巧克力样，因此俗称“巧克力囊肿”。本病的复发与治疗不彻底、术后护理不当、子宫病变、个人体质等有关。
1、治疗不彻底：巧克力囊肿多需要手术治疗，但由于部分病灶肉眼不可见，手术难以彻底清除，残余的子宫内膜就会随着时间推迟继续生长，覆盖卵巢组织而再次引起巧克力囊肿。
2、术后护理不当：手术后没有做好护理，也有一定的几率使巧克力囊肿复发的。
3、子宫病变：巧克力囊肿主要是由于月经期内子宫内膜脱落碎片进入卵巢生长引起的，如果女性本身存在子宫后倾、阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫颈口粘连等情况时，更容易发生经血引流不畅甚至逆流，这类女性容易出现复发。
4、个人体质：可能受遗传因素影响，部分女性容易发生子宫内膜异位种植。
另外，除根治性手术外，本病复发率较高，复发率与病情轻重、治疗方法等有关。其中，重症患者的复发率比症状轻的患者要高，且病情越严重复发的越快；单纯药物治疗后复发率高于手术治疗。