巧克力囊肿是怎么引起的，目前在学术界没有十分肯定的结论，可能与经血逆流、淋巴及静脉扩散、体腔上皮化生、遗传及免疫因素等有关，具体如下：
1、经血逆流：经期时子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢，并在该处继续生长和蔓延。
2、淋巴及静脉播散：子宫内膜可以通过淋巴和静脉向远处播散，种植在卵巢。但是子宫内膜是如何通过静脉和淋巴系统到达卵巢的，目前无法解释。
3、体腔上皮化生：卵巢表面的上皮可由胚胎时期具有高度化生潜能的体腔上皮分化而来，体腔上皮细胞受到卵巢激素、经血及慢性炎症持续地反复刺激，可能被激活转变为子宫内膜样组织。
4、遗传因素：本病具有家族聚集性，可能是多基因或多因素遗传的结果。
5、免疫因素：随经血逆流的子宫内膜，如同一种异物，会激活身体内的免疫系统，动员出大量的免疫细胞来消除，假如体内免疫系统异常，无法将位于宫腔外的子宫内膜细胞消除，可能会发展成为卵巢子宫内膜异位症，从而进一步表现为典型的巧克力囊肿。