可以通过妇科检查、B超检查、肿瘤标记物检测、腹腔镜检查和病理检查等来辅助检查和诊断巧克力囊肿。
1、妇科检查：医生会进行相应的妇科检查，当巧克力囊肿较大时，妇科检查可以触摸到与子宫粘连的肿块，或触痛性结节。
2、B超检查：通过该检查发现卵巢囊肿内部充满点状强回声，往往提示巧克力囊肿。
3、肿瘤标记物检测：其中CA125最有参考价值，巧克力囊肿患者CA125可能会轻度升高，一般不超过200IU/L。
4、腹腔镜检查：腹腔镜是诊断子宫内膜异位症的最佳方法，对不明原因不育或腹痛者应首选腹腔镜检查。当镜下看到典型子宫内膜异位症病灶时，即可基本明确诊断，必要时可取活检。
5、病理检查：医生会根据手术、穿刺或者活检取得的样本进行病理检查，可以非常明确地诊断出是否患巧克力囊肿。