绝经后巧克力囊肿有可能缩小，但很难彻底消失。
巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的存在陈旧性积血的囊肿。本病多见于25～45岁生育年龄妇女，随着体内雌激素、孕激素的波动变化，月经周期来潮，积血越来越多，巧克力囊肿也呈周期性增长，逐渐加重。
当女性进入了围绝经期或者绝经期，体内的激素水平会下降，此时，巧克力囊肿就可能会逐渐萎缩，大多数患者尤其是巧克力囊肿过大者，会有一定的残留。个别巧克力囊肿较小者，由于囊内的液体慢慢被机体吸收，囊肿体积变得很小甚至难以观察到，但很难做到彻底消失。
少数情况下，严重的巧克力囊肿还会在绝经后继续活跃，因为体内其他器官比如肾上腺还会不断地分泌雌激素，使体内仍有足够的雌激素去刺激子宫内膜的增生，从而使异位于卵巢的子宫内膜继续生长，这种情况下，巧克力囊肿更不会消失。
需要注意的是，在绝经期后出现的巧克力囊肿，可能有5‰左右的恶变几率。因此，一旦在绝经期后，发现巧克力囊肿没有缩小或者缩小的不理想，就需要及时到医院妇科就诊，医生会通过相关的检查，密切监测巧克力囊肿情况。