巧克力囊肿是难以预防的。因为到目前为止，本病的发病机制尚不明确，这就意味着暂时没有明确有效的措施可以防止本病的发生。在日常生活中，针对本病发病的高危因素，采取一些相应的措施，可能降低发病风险。
一、积极治疗可能引起经血逆流的疾病。例如积极治疗先天性生殖道畸形、闭锁、狭窄和继发性宫颈粘连、阴道狭窄等。
二、避免医源性子宫内膜种植。
- 1、尽量避免多次的宫腔手术操作；
- 2、月经期避免妇科检查，以免发生经血逆流；
- 3、月经前禁作输卵管通畅试验，以免将内膜碎屑推入卵巢或腹腔。
三、日常保健。
- 1、增强锻炼。养成每周进行至少4~5次，每次30分钟有氧运动的习惯。
- 2、避免饮酒。有研究表明，饮酒过度会增加体内雌激素水平，可能会诱发子宫内膜异位症、巧克力囊肿。
- 3、药物避孕。采用药物避孕者，其异位症、巧克力囊肿发病风险低，与避孕药抑制排卵、促使子宫内膜萎缩等有关。