巧克力囊肿穿刺是一种保守治疗巧克力囊肿的方法。
巧克力囊肿穿刺属于微创手术，通常是医生在超声引导下进行穿刺，抽出囊内液体，并对抽出的液体进行细胞学检查或者细菌培养等。而且，医生还会根据具体情况，向囊肿内注射硬化剂比如无水乙醇，使囊壁硬化、闭合，继而使囊肿萎缩或彻底消失，从而达到治疗作用。但不是所有的巧克力囊肿都适合穿刺。
1、如果是复发的巧克力囊肿，且患者有生育要求，或者是不能进行手术的巧克力囊肿，可以考虑穿刺。此外，部分巧克力囊肿穿刺是手术前的准备，即患者会先进行暂时性的穿刺，然后进行GnRH-a治疗，在2~3个月后，手术难度下降时再进行手术。
2、如果是体积过大，位置过深接近腹壁，CA125增高过于明显或者高度怀疑恶变的巧克力囊肿，则不宜进行巧克力囊肿穿刺，多考虑手术治疗。