巧克力囊肿在以下几种情况下需要做穿刺：
1、如果是复发的巧克力囊肿，患者有生育要求且卵巢储备功能较差，可能需要进行穿刺治疗。
2、如果是初次发现的巧克力囊肿，但患者有生育要求且卵巢的储备功能较差，然而常规手术可能使卵巢功能进一步下降，甚至造成取卵困难，此时可以先进行穿刺治疗，再进行试管婴儿治疗。
3、如果是巧克力囊肿不适合做手术，或者手术难度大，则可以先进行暂时性的穿刺，再配合几个月的GnRH-a（促性腺激素释放激素激动剂）治疗，待囊肿变小或者手术难度变小后再进行手术。
4、如果是巧克力囊肿继发感染，则在抗生素治疗的基础上，也可以考虑通过穿刺来抽出囊肿内的脓液，从而增加保守治疗成功的概率。此外，在穿刺后还可以配合GnRH-a治疗，待炎症消退后再进行手术。
在对巧克力囊肿进行穿刺前，患者应该进行相应的检查，以确定是否存在恶性病变的情况。如果怀疑存在恶性病变，应该进行手术治疗，最好不要进行穿刺。此外，对于初次发现的巧克力囊肿，且囊肿长度在4厘米以上，也建议进行手术治疗。