不能直接评价巧克力囊肿穿刺效果的好与坏，其效果是相对而言的。
1、从缓解痛经症状、保护卵巢功能来讲，巧克力囊肿穿刺的效果是较好的。巧克力囊肿穿刺属于微创手术，穿刺抽取巧克力囊肿的囊内液体，可有效解除囊肿对生殖道产生的机械性阻碍，缓解痛经症状，而且由于穿刺基本不会对卵巢造成破坏，对患者生殖能力影响不大，反而抽净囊内液体还可减少对卵巢储备的损伤，从而增加患者的妊娠率。
2、从治愈疾病的角度来讲，巧克力囊肿穿刺的治疗效果不好，其只能缓解症状，并不能治愈本病。因为巧克力囊肿是由有活性的子宫内膜异位到卵巢引起的，在月经期，异位子宫内膜会继续出血，从而导致囊内液体再次积聚，巧克力囊肿会复发。