巧克力囊肿穿刺一般不会造成危害，但作为一个创伤性操作，确实面临一定风险，例如损伤周围组织、继发感染、导致肿瘤播散的风险。
1、损伤周围组织：一般情况下，巧克力囊肿可能与周围的肠管、血管发生粘连，所以在穿刺时可能损伤肠管，而穿刺到血管时，还可能引发出血。
2、继发感染：如果巧克力囊肿的位置特别低，一般需要从阴道后穹窿穿刺，由于阴道内有很多细菌，所以自下而上的穿刺可能继发感染。
3、导致肿瘤播散：临床上，在对巧克力囊肿进行穿刺前，医生会先进行影像学检查、肿瘤标记物检查，并在排除恶性证据后再进行穿刺，但是，万一肿瘤为恶性，穿刺后可能导致肿瘤发生播散。
临床上，绝大多数的巧克力囊肿都可以通过手术来治疗，只有一些比较特殊的情况才可以用穿刺来解决。例如：复发的巧克力囊肿，且有生育要求者；初次发现的巧克力囊肿，有生育要求，且卵巢的储备功能较差者；不适合做手术或手术难度大，可以先暂时性穿刺；继发感染的巧克力囊肿，可以考虑穿刺来抽出囊肿内的脓液。
