巧克力囊肿术后复发难以彻底预防。本病是一个高复发性疾病，如果通过保留生育功能手术，只把囊肿去掉，而把卵巢、子宫以及输卵管完整的保留，大概会有20%以上的复发几率。随着时间的推移，其复发几率还可能逐渐增高。因此，术后的科学管理非常重要。
1、遵医嘱用药。巧克力囊肿术后一定要在医生的指导下，选用合适的药物，严格遵循医嘱进行完整的周期性的药物治疗，不可随意停药减药。
2、积极治疗可能引起经血逆流的疾病。例如积极治疗先天性生殖道畸形、闭锁、狭窄和继发性宫颈粘连、阴道狭窄等，避免再次发生经血逆流，形成新的巧克力囊肿。
3、避免医源性子宫内膜种植。尽量避免多次的宫腔手术操作；月经期避免妇科检查，以免发生经血逆流；月经前禁作输卵管通畅试验，以免将内膜碎屑推入卵巢或腹腔。
4、定期复查。巧克力囊肿的复发难以彻底预防，早期发现早期治疗，对于保证预后也至关重要，因此，术后应坚持监测病情，定期复查。