子宫内膜异位症通常需要医生对患者进行详细的体格检查和妇科检查，为了确诊可能还需要进行影像学检查、实验室检查和腹腔镜检查。
1、体格检查：常规测量体温、心率，医生可能会要求患者暴露腹部，检查腹部是否有压痛、反跳痛、肌紧张及腹胀等。
2、妇科检查：医生通常会对患者进行妇科检查，尤其是“三合诊”检查。检查时可能会发现盆腔有包块，或阴道后穹窿等部位有触痛的结节。
3、影像学检查：主要是阴道和腹部超声检查，可用来鉴别卵巢子宫内膜异位囊肿和直肠阴道隔内异症。
4、实验室检查：主要是血清CA125测定、人附睾蛋白4（HE4）测定、抗子宫内膜抗体检测。中重度内异症患者可有血清CA125升高等。
4、腹腔镜检查：妇科检查和影像学检查未发现异常，但存在不孕、痛经等症状明显，存在血清CA125升高等情况，医生一般都会建议选择腹腔镜检查。腹腔镜能直观地看到盆腔里面是否有包块、结节或典型的子宫内膜异位症病灶。对可疑的病灶，还可取活检进行病理检查以辅助诊断。