卵巢囊肿一旦明确诊断，除了生理性卵巢囊肿都应该进行手术治疗，而不是选择药物治疗。
卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，一般可分为生理性卵巢囊肿（又称功能性卵巢囊肿）和病理性卵巢囊肿（又称非功能性卵巢囊肿）。其中，生理性卵巢囊肿直径在5厘米以下，多在2~3个月后，随月经结束而逐渐变小消失，通常定期复查B超即可，不需要进行药物治疗或手术治疗。而病理性卵巢囊肿，通常需要采用手术治疗将囊肿进行切除，而不是选择药物治疗。
但是，对于卵巢巧克力囊肿（病理性卵巢囊肿的一种类型），由于子宫内膜异常生长在卵巢上所引起，术后容易复发，因此，需在术后辅以药物治疗。患者如果近期没有结婚计划或者没有条件生育，则可遵医嘱服用炔雌醇环丙孕酮片、炔诺酮片、米非司酮片等性激素抑制异位子宫内膜生长，减少复发；患者如果有结婚计划或者生育条件，则建议其尽早结婚、生育，以帮助治疗子宫内膜异位症。
需要提醒的是，并不是所有的卵巢囊肿都需要进行治疗，即使需要治疗，其具体病情不同，治疗方法也不相同。因此，建议患者应及时去医院妇科就诊，进行超声、肿瘤标志物检测等相关检查，然后遵医嘱进行相应的治疗，不能自行盲目用药，以免延误病情。