怀孕了发现卵巢囊肿，建议患者及时前往医院的妇科就诊，医生通常会根据卵巢囊肿的类型、发现卵巢囊肿的时间等方面，制定合适的治疗方案，如随诊观察、手术治疗等。
临床上，卵巢囊肿可分为生理性和病理性两大类，其中，生理性卵巢囊肿一般会在3个月以后自行消失，不会对妊娠、分娩造成不良后果，故而无需进行特殊的治疗，随诊观察即可，建议患者不要过于担心。
而如果是在妊娠12周内发现的病理性卵巢囊肿，也以观察为主，因为此时胎盘还没有完全形成，手术干预可能会增加流产的风险，当妊娠时间达到16周左右时，医生会通过腹腔镜手术切除囊肿。如果是在妊娠超过20周才发现的病理性卵巢囊肿，则手术空间会因子宫的增大而变小，在不影响妊娠的情况下，医生会观察到足月分娩，并在剖宫产的同时切除卵巢囊肿。
综上所述，一旦在怀孕后发现卵巢囊肿，患者仍然可以继续妊娠，建议患者严格遵医嘱定期复查、监测自身症状，并根据病情接受相应的治疗，以保证妊娠的顺利进行。