临床上，医生会通过盆腔检查、肿瘤标记物检测、影像学检查、组织病理学检查等方法来判断卵巢囊肿是良性的还是恶性的。
1、盆腔检查：医生会通过盆腔检查来判断肿瘤有无结节、活动性、边界是否规则、有无粘连以及道格拉斯窝有无结节、腹水和恶液质等，从而初步判断卵巢囊肿的良恶性。
2、肿瘤标记物检测：医生会检查患者血清中CA125、HE4、CA199、CEA、甲胎蛋白和hCG等肿瘤标记物的指标。如果上述肿瘤标记物的指标异常升高，则卵巢囊肿呈恶性的可能性会较大。
3、影像学检查：常用检查为B超检查、CT检查、核磁共振检查、PET-CT检查等。如果通过上述检查，发现卵巢囊肿的包膜不完整或与周围组织边界不清，且内部信号混杂不均、在短时间内迅速增大，则卵巢囊肿呈恶性的几率会较大。
4、组织病理学检查：此种检查是判断卵巢囊肿是良性还是恶性的金标准。如果在检查中发现了恶性病变，则可明确卵巢囊肿是恶性的，反之则表示卵巢囊肿是良性的。
需要提醒的是，一旦怀疑罹患卵巢囊肿，建议患者及时前往医院的妇科等科室就诊，由医生通过专业的方法来明确诊断以及判断肿瘤的良恶性，随后，医生会针对具体情况，采取合适的治疗措施，从而尽早地改善患者的不适症状。