扁平湿疣一般经过2~3周的治疗可以治愈。
扁平湿疣是二期梅毒的特征性皮肤改变，以药物驱梅治疗为主，首选药物为青霉素类，如普鲁卡因青霉素或苄星青霉素等。如果患者对青霉素过敏，则可以使用盐酸四环素、红霉素或多西环素等药物进行治疗。一般情况下，在经过1周的正规驱梅治疗以后，扁平湿疣会明显缩小、变薄；经过2周的治疗以后，扁平湿疣可以基本消失；经过3周的治疗以后，扁平湿疣则可能会完全消失。
但需要注意的是，扁平湿疣得到治愈并不意味着梅毒也得到治愈，部分患者可能会出现潜伏感染，需要定期复查梅毒血清学检查，以保证痊愈。而且，扁平湿疣还存在复发和再次感染的可能，因此，患者治愈后需要常规随访2~3年，第一年每3个月复查一次，以后每半年复查一次。如果复查血清反应为高滴度，且持续时间超过1年，则应考虑复治。