中医治疗扁平疣的效果是比较好的。中医称扁平疣为扁瘊，主要通过中药内服、中药外用、针灸等方法进行治疗。
1、中药内服。中医认为，扁瘊是由于湿浊内蕴、风邪侵袭、肝火妄动等原因所引起的，因此，主要以清热、解毒、疏风的药物进行治疗。常用马齿苋合剂加木贼草、夏枯草、牡蛎等煎水服用，多数患者可以取得比较好的疗效。
2、中药外用。晚期扁瘊的治疗以活血化瘀为主，可以用马齿苋煮水外敷，也可以用桃红四物汤加黄芪、三棱、莪术、浙贝母等外用治疗，还可以用鸦胆子腐蚀皮损，均能取得较好疗效。
3、针灸治疗。中医的针灸疗法包括针刺法（用针刺入相应穴位，以达治疗目的）、耳针法（将耳针留置于双耳穴位上，外贴胶布，早晚用手轻压留针处）、火针法（将火针烧红，迅速点刺皮损使之炭化）、穴位注射法（将川芎注射液或防风注射液推注到选取的穴位内）等，也都可以取得较好的疗效。
需要提醒的是，建议患者到中医院皮肤科或综合医院中医科就诊，在专业中医师指导下接受相应的治疗，才能取得比较好的疗效。