中医和西医治疗扁平疣均有一定的疗效，不存在哪一种方法效果更好的说法。建议患者到中医院皮肤科或综合医院中医科就诊，医生会根据患者的具体情况，选择合适的治疗方法。
一、中医治疗：主要采用中药内服、中药外用、针灸等方法。
- 1、中药内服。中医认为，扁瘊是由于湿浊内蕴、风邪侵袭、肝火妄动等原因所引起的，因此，主要以清热、解毒、疏风的药物进行治疗。常用马齿苋合剂加木贼草、夏枯草、牡蛎等煎水服用，多数患者可以取得比较好的疗效。
- 2、中药外用。晚期扁瘊的治疗以活血化瘀为主，可以用马齿苋煮水外敷，也可以用桃红四物汤加黄芪、三棱、莪术、浙贝母等外用治疗，还可以用鸦胆子腐蚀皮损。
- 3、针灸治疗。中医的针灸疗法包括针刺法（用针刺入相应穴位，以达治疗目的）、耳针法（将耳针留置于双耳穴位上，外贴胶布，早晚用手轻压留针处）、火针法（将火针烧红，迅速点刺皮损使之炭化）、穴位注射法（将川芎注射液或防风注射液推注到选取的穴位内）等。
二、西医治疗：主要采用药物治疗、物理治疗、手术治疗等方法。
- 1、药物治疗。包括局部外用药物（如水杨酸软膏、维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等）、皮损内注射药物（如维生素D3）、口服或静脉注射药物（如干扰素、左旋咪唑等）。
- 2、物理治疗。常用方法包括冷冻治疗、电灼治疗、激光治疗等，对于去除扁平疣有一定效果。但在治疗过程中会出现轻度疼痛，不能耐受疼痛者可以适度局麻。
- 3、手术治疗。必要时，患者可以选择手术治疗，切除疣体。