扁平疣患者可以在医生指导下服用相应的西药或者中药。
1、西药。现代医学认为，扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的，目前尚无确切有效的抗人乳头瘤病毒药物，患者可以遵医嘱服用免疫调节剂，如干扰素、左旋咪唑等，来缓解症状。
2、中药。中医称扁平疣为扁瘊，认为其是由于湿浊内蕴、风邪侵袭、肝火妄动等原因所引起的，因此主要以清热、解毒、疏风的药物进行治疗。常用马齿苋合剂加木贼草、夏枯草、牡蛎等煎水服用，多数患者可以取得比较好的疗效。
提醒患者的是，扁平疣属于皮肤疾病，主要以外用药物治疗为主，常用药物包括水杨酸软膏、维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等。如果药物治疗无效，患者也可以采用冷冻、电灼、激光等物理疗法或者中医针灸疗法，必要时，还可以考虑手术治疗，切除疣体。