精液不液化的病因尚不十分清楚，可能与生殖系统感染、精索静脉曲张、先天性因素、体内微量元素缺乏等有关。
1、生殖系统感染。比如精囊炎、前列腺炎等。正常情况下，精液中含有凝固因子和液化因子两种因子，二者处于一个动态平衡，可以维持精液的正常液化功能。而凝固因子主要由精囊分泌，液化因子多由前列腺产生，如果精囊或者前列腺出现炎症病变，致使凝固因子与液化因子失衡，则会导致精液不液化。
2、精索静脉曲张。有研究认为，精索静脉曲张可能会导致精液不液化。
3、先天性因素。先天性前列腺缺如或发育不良，可导致精液不液化，往往与精液量过少同见，但临床较少见。
4、体内微量元素缺乏。男性体内缺乏镁、锌等微量元素，也可能会导致精液不液化。